《巴蜀文献》是由《巴蜀全书》编纂组独家主办的学术集刊，主要刊载蜀学、巴蜀文献、巴蜀文史、巴蜀历史人物(包括采访、自传、评传等)及其他巴蜀文化相关研究的文章，旨在弘扬巴蜀悠久而丰富的历史文化，及时报道巴蜀文献整理、研究、利用及文化传承与弘扬情况。目前已出7辑。